1，理論上應該回北京是用藍本離開台灣，用紫本入境大陸。去日本是用中國護照及日本簽證離開大陸及進入日本，日本到台灣是拿大陸護照離開日本，用藍本進入台灣。但如果同一證件有對應的進出的話，是否之後回大陸的時候要使用大陸的護照入境大陸呢？這個這樣護照的進和出才是剛好都對應，是否必須這樣子，可能要再問下其他人了，我不了解。

2.有簽證了應該就可以了吧，最主要的是簽證，那入境的時候是否還需要比方往返機票什麼的我就不清楚了，我都從來沒到第三放國家及地區過。


3，這個紫本證件只有回台灣才用的着，可能是直航或者通過香港澳門中轉都可以，去別的國家及地區不會用到這個證件，這個簽注原則上要回戶籍所在地申請，但目前有31个城市允许符合条件的大陆居民异地提交大陆居民往来台湾通行证及签注申请，紫色本子的簽注，像你老婆這樣情況，回戶籍地辦理就是拿她的戶籍簿，身份證，藍本通行證，紫本通行證就可以了。如果是證件過期了，可能還要現場拍照辦理新的本子。

可能只能提供大體的資訊，沒有自己經歷過的，就比較沒經驗，請見諒