本署依入出國及移民法第91條規定，針對外國人、臺灣地區無戶籍國民、大陸地區人民、香港及澳門居民於入出國接受證照查驗時，將進行指紋按捺及照相。試營運期間，本署將視旅客入出國（境）狀況調整試營運方式及時段。

移民署「外來人口個人生物特徵辨識系統」於102年12月18日起於高雄小港國際機場試營運，針對年滿14歲外來人口(外國人、大陸地區人民、香港及澳門居民及臺灣地區無戶籍國民)於入出境時錄存及辨識個人生物特徵識別資料，並規劃於103年度擴大適用全國各主要機場、港口。

「外來人口個人生物特徵辨識系統」將錄存比對旅客照片及雙手食指指紋，藉以防止偽(變)護照者、冒用他人身分者及不法分子入出國境。實施本系統可輔助查驗官更有效率及更準確進行人別比對。