1，是，現在新發的依親居留證都是多簽的了，第一次發的效期是1年，也就是申請下依親居留就可以1年之內不限制次數進出台灣，快到期的時候，到移民署延期就可以了
2，不需要，離開台灣的時候使用居留證，他們會蓋章在居留證上（本子的）或者 出入境記錄表（卡式的），大陸通行證備查，可以不可以用護照備查不清楚，但出入日本是肯定要使用護照的，和可以出入日本的簽證，台灣護照可以免簽進入日本，但大陸護照不行的，如果是從台灣申請簽證，是陸配的話，貌似是需要長期居留，所以你如何申請到簽證也是要考慮到，已經申請到當然更好
3，是可以，但就變成你第一段行程肯定是假的，因為你不能持護照直接到香港，除非是持護照去第三地，只是通過香港中轉而已，這個第三地不能是台灣，只能是其他地方比方泰國啊，你到香港後沒去第三地，而是拿入台證到台灣了，入境的時候可以用入台證搭配護照入境。
到時候申請依親居留的時候倒是可以用護照和入台證去申請，但香港那邊沒直接到第三地產生的不良記錄是否對以後有影響未知，以前倒是很多人都是通過這個方式到台灣，當然第一段也可以使用港澳通行證，如果有開放自由行的城市那就更方便了。
然後之後回大陸，倒是可以持護照直接回大陸。
還是要說下，正統和標準的做法還是使用大通證

大陸護照在台灣辦理日本簽證不需要長期居留的,依親就可以了~只是需要連續在台灣住滿3個月~日本簽證事宜可以電話問日本在台辦事處(不同人情況不一樣)

大陸護照去日本旅遊的時候,出入台灣的時候都需要看依親居留證和大通證的(出入日本的時候看護照和日本簽證)

日本簽證可以參考下面這個帖子http://www.xinzhumin.com/thread-1456-1-1.html

QuoteLittleMaggie 發表於 2015-10-20 10:19
大陸護照在台灣辦理日本簽證不需要長期居留的,依親就可以了~只是需要連續在台灣住滿3個月~日本簽證事宜可以 ...

謝謝更正，看來我記錯了