一：要去當地出入境管理局，如果只是到台灣，可以只申請大陸居民往來台灣通行證，但為了之後幾年可能的便利，也可以順便把護照給辦理了，比方有的銀行申請業務可能讓你提供護照，去其他國家玩也要護照
二：不用辦理港澳通行證，可以直航，也可以從香港，澳門轉機
三：無犯罪記錄公證，先到當地的公證處詢問，辦理到台灣使用的無犯罪記錄公證如何辦理，基本各地都不一樣，看當地的公證處認可哪裡開的證明，你就去哪裡去開這個證明
四：出生證明公證是6年之後申請台灣身份證的時候才用的到，前提還是每年都在台灣住184天以上，當然這個公證是一直有效的，如果你需要一同申請，也是可以的，也是詢問當地公證處需要提交什麼樣的證明文件給他們，公證書正本基本上不會當天給你，一般他們會確認公證書郵寄到省公證員協會沒問題了，才會通知你取正本，時間大概可能1個週左右吧，有的公證處可能對自己開的證明有十足把握，不會出問題，也是可能當場給你的。
五：對，就是需要護照了，一樣到當地出入境管理局辦理，所以申請大通證的時候，可以選擇一起把護照給申請了
六：其他到台灣前還會需要一個 結婚公證，沒結婚公證，你老婆就沒入台證的，就沒辦法以結婚的名義到台灣，這個詳細步驟你可以參考
http://www.xinzhumin.com/thread-49-1-1.html

我再來補充一點：
一、辦理通行證需要的資料有：你太太的大2寸照片，要幾張？他們要多少給多少就好，我是全部都有帶去的，還有就是身份證，戶口本，結婚證，入台證（以上記得帶原件+複印件正反面）還有就是填表，現在的表都嘛三合一了，護照，台灣通行證，港澳通行證都在一張紙上申請，很方便的。然後就是你的證件：台胞證，身份證，我當時也有帶老公護照複印件，但是沒用到。記得複印多幾份給他吧。
三、無犯罪記錄證明的確每個地方不同，辦法也差很大。我們那裡就是直接去派出所開證明，然後拿去有涉外公證資格的公證處即可，我是直接去的省會公證的。有些地方需要到居委會或是村裡開證明然後派出所蓋章的樣子，具體可以先問當地派出所一下，如果他們可以開自然是最好。公證好記得叫你老婆手上要拿一份，不要忘了，到時去海基會驗證需要用到（辦理依親用）。
五、辦理護照要你太太的身份證，戶口本，照片，也是記得複印下，護照照片記得去出入境管理局指定地方拍。
恩恩，其他就如卡卡所說的，大致如此吧！不懂還可以來問哈，這網站很給力的，祝你們一切順利唷！