有些国家可以在台湾办，有些好像只能回大陆办理。你可以查一下看看澳洲有无驻台办事处，如果有可以打电话去问一下。如果没有就只能回大陆办理了。

澳洲辦事處 (AO)
統一國際大樓
11073 臺北市松高路9號27-28樓
tel:+886287254100
但具體申請好像是指向香港那邊
頁面是
http://australia.org.tw/tpeichinese/visiting_australia.html

這篇有答覆 http://www.xinzhumin.com/thread-2557-1-1.html

Quote
更新一下資訊，大陸在台居民可以使用澳洲線上電子簽證系統，直接上網填好送申請就可以了，不用真的跑香港啦(比較麻煩的是申請表全英文，英文還 Ok 的人都要填大概 20 分鐘)

反而是台灣人比較麻煩，要電子簽證，但還不能自己上網辦，一訂要透過指定旅行社 Orz

沒錯沒錯，澳洲旅遊簽Visitor(subclass 600)大陸護照可以自行網申。我就剛好遇到這個問題，12月要跟老公一起去澳洲旅行，10月底自己在網上申請，5個工作日就收到了澳洲大使館發出的Visa Grant Notification, 一年多次，最長可停留3個月。提供結婚證，工資流水，老公公司的員工旅遊確認信，就可以了。可參考以下網址：
http://www.mafengwo.cn/i/6778793.html