以下執行兩岸直航航班的主要航空公司

• 中華航空公司 http://www.china-airlines.com/ch/index.htm
  
• 長榮航空公司 http://www.evaair.com/zh-tw/index.html
  
• 復興航空公司 http://www.tna.com.tw/index.aspx
  
• 華信航空公司 http://www.mandarin-airlines.com/index/index.html
  
• 立榮航空公司 https://www.uniair.com.tw/uniairec/index1.aspx
  
• 遠東航空公司 http://www.fat.com.tw/index/index.aspx
  
• 中國國際航空公司 http://www.airchina.com.cn/
  
• 中國東方航空公司 http://www.ceair.com/ http://tw.ceair.com/（台灣官網）
  
• 中國南方航空公司 http://www.csair.com/cn/index.shtml
  
• 海南航空公司 http://www.hnair.com/
  
• 廈門航空公司 http://www.xiamenair.com.cn/
  
• 山東航空公司 http://www.shandongair.com.cn/
  
• 四川航空公司 http://www.scal.com.cn/B2C
  
• 上海航空公司 http://www.shanghai-air.com/
  
• 深圳航空公司 http://www.shenzhenair.com/
  

兩岸直航航空公司飛航航線 2013.5.13
航空公司	航 線
中華航空公司	桃園-浦東、北京、深圳、廣州、成都、大連、武漢、青島、西安、海口、南昌、無錫、三亞、烏魯木齊、威海
松山-虹橋 臺中-重慶、南昌
高雄-浦東、北京、深圳、重慶
長榮航空公司	桃園-浦東、北京、廣州、成都、杭州、鄭州、天津、海口、哈爾濱、濟南、黃山、呼和浩特、海拉爾
松山-虹橋
高雄-浦東、廣州、寧波、鄭州、天津、桂林
復興航空公司	桃園-浦東、長沙、徐州、無錫、三亞、張家界
松山-浦東、虹橋、福州、重慶、杭州、武漢、天津、合肥
臺中-浦東、廈門、福州
高雄-福州、廈門、長沙、合肥、南寧 花蓮-杭州、武漢、天津
華信航空公司	桃園-廈門、南京、寧波、瀋陽、長沙、鄭州、鹽城、麗江 松山-溫州
臺中-福州、杭州、寧波、武漢、鄭州、長沙
高雄-杭州、廈門、長沙
立榮航空公司	桃園-深圳、福州、南京、重慶、大連、寧波、瀋陽、青島、西安、鹽城、西寧
松山-廈門
臺中-深圳、廈門、南京、杭州、寧波、長沙
高雄-昆明、福州、杭州、青島 臺東-南京
遠東航空公司	桃園-石家莊、貴陽、蘭州、銀川 松山-太原、南寧 高雄-成都、海口、南寧、貴陽、武漢 馬公-武漢
航空公司	航 線
中國國際航空公司	桃園-浦東、北京、成都、重慶、杭州、溫州、呼和浩特、威海、海拉爾
松山-虹橋、天津 臺中-天津
中國東方航空公司	桃園-浦東、昆明、南京、寧波、武漢、青島、西安、合肥、南昌、太原、石家莊、鹽城、無錫、徐州、銀川、麗江
松山-虹橋 臺中-南京 高雄-武漢
中國南方航空公司	桃園-浦東、廣州、深圳、大連、瀋陽、武漢、長沙、鄭州、桂林、海口、哈爾濱、貴陽、長春、南寧、張家界、烏魯木齊、西寧 臺中-長春 高雄-武漢
海南航空公司	桃園-北京、廣州、海口、大連、西安、三亞、蘭州
廈門航空公司	桃園-廈門、福州、長沙、杭州、泉州
松山-廈門、福州
高雄-廈門、福州
山東航空公司	桃園-煙臺、青島、濟南 臺中-濟南
四川航空公司	桃園-昆明
松山-成都、重慶 臺中-成都
上海航空公司	松山-虹橋、浦東
深圳航空公司	桃園-深圳、瀋陽、南寧、無錫

以上數據是截至2013年5月的，有最新官方整理的數據，我再補充上來，要是有空也自己整理，不過暫時沒空。